Селото е разположено в подножието на планина Средна гора, намира се на 21 километра северно от Чирпан. Природата в Стоян Заимово е изключително красива чиста. В землището на селото няма открити полезни изкопаеми и не се извършва промишлен добив. През селото минава малка рекичка. Най-близкото населено място до Стоян Заимово е с. Могилово на югоизток на 3 километра. Други населени места, намиращи се в близост до селото са Изворово, Средно градище и Спасово. На северозапад землището на Стоян Заимово граничи със землището на село Съединение.